Sejarah dan riwayat terbentuknya Pengadilan Negeri Tobelo Kelas II tidak akan terlepas dari Peraturan Perundang-Undangan maupun Peraturan Kementerian Kehakiman yang sudah cukup lama yaitu sejak tahun 1950-an. Pada saat itu terjadi peralihan tugas-tugas Pengadilan Swapraja dan Pengadilan Adat kepada Pengadilan Negeri yang dipertegas dengan Undang-Undang Darurat Nomor 1 Tahun 1951 yang menegaskan tentang Penghapusan Pengadilan Swapraja dan Pengadilan Adat.

Setelah ditetapkannya Undang-Undang Darurat Nomor 1 Tahun 1951, Menteri Kehakiman mengeluarkan Surat Keputusan Nomor J.B.4 / 2 / 20, tanggal 19 Mei 1954 Tentang Penghapusan Pengadilan Swapraja dan Pengadilan Adat terhitung mulai tanggal 1 September 1954. Dengan penghapusan kedua jenis Lembaga Peradilan tersebut, semua berkas perkara dan barang bukti dialikah kepada Pengadilan Negeri. Untuk wilayah Tobelo dan sekitarnya pada saat itu merupakan wilayah hukum Pengadilan Negeri Morotai.

Pengadilan Negeri Morotai berubah nama menjadi Pengadilan Negeri Tobelo semenjak diterbitkannya Surat Keputusan  Menteri Kehakiman Nomor JZB 1 / 1 / 17 tanggal 23 Mei 1971 tentang Pemindahan Pengadilan Negeri Morotai ke Pengadilan Negeri Tobelo. Adapun Pengadilan Tinggi yang membawahi Pengadilan Negeri Tobelo pada saat itu adalah Pengadilan Tinggi Ambon.

Pengadilan Negeri Tobelo berada di bawah dan menjadi bagian wilayah hukum Pengadilan Tinggi Maluku Utara sejak diterbitkannya Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2004 Tanggal 6 Juli 2004 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Maluku Utara.

Seiring dengan perkembangan daerah Provinsi Maluku Utara, saat ini wilayah hukum Pengadilan Negeri Tobelo meliputi dua kabupaten yaitu Kabupaten Halmahera Utara dan Kabupaten Pulau Morotai.